A debreceni főiskolán tanult, 1670-től a munkácsi iskola igazgatója. Református lelkészként 1671-ben Pápára hívták iskolaigazgatónak. 1674-ben a pozsonyi rendkívüli törvényszék a Wesselényi- féle összeesküvésben való állítólagos részvétele miatt több lelkésztársával együtt gályarabságra ítélte. Kiszabadulása után Svájcba ment, csak 1678-ban térhetett vissza Pápára, ahol 1683-ig tanított. 1687-ig mezőörsi, 1688 és 1693 között lepsényi lelkész. 1693-tól 1695-ig harmadszor is a Pápai Református Kollégium rektora. 1695–1698-as években Láziban, majd rövid ideig Pázmándfalun szolgált. 1698-ban Hosszúpályiba vonult vissza. Szécsi András ref. lelkész a Hosszúpályi Honismereti Híradó 1988. decemberi számában azt írja, hogy Csergő Bálint 1711-ben Pápáról ment Hosszúpályiba és ott 1713-ban halt meg. A templom, amelyben itt szolgált még a 14. században épült. Később lebontották. Thaly Kálmán szerint Bottyán János, majd halála után Forgách Julianna szolgálatában állt. Túlélte a szatmári békekötést. Gályarabságát elbeszélő emlékirata kordokumentumként és művészeti alkotásként is jelentős.
Főműve: Narratió brevis de oppressa libertata esslesiarum Hungaricorum, megjelent 1738-ban. Ugyanebben az évben Bod Péter Kősziklán épült ház ostroma címmel magyarul kiadta Kocsi Csergő Bálint pápai kollégiumi professzor gályarabságról készült emlékiratát. Új kiadása: A magyarországi gályarab prédikátorok emlékezete.
Művei: Bp., 1976. Híres orátiós könyvét ma is őrzi a Pápai Református Könyvtár. (Ezek év végi beszédek, amelyeket a tanuló ifjúsághoz intézett. Főként latin nyelvűek, de öt magyar beszéd is található a könyvben, az 1679–1682- és 1693–1695 közötti évekből.) Pápán a Köztársaság-ligeti szoborparkban egészalakos bronzszobra, Somogyi József alkotása áll. A Református Gimnázium és a ref. templom falán Séllyei Istvánnal bronz, illetve márvány emléktáblája látható, előbbi Mikus Sándor alkotása.
Irodalom: HARSÁNYI István: ~ eddigi levelei és munkái. = Sárospataki L, 1917. – RÁCZ Kálmán: ~. Pápa, 1906. – MOLDOVA György: Negyven prédikátor. (r.) Bp., 1973. – KÖVY Zsolt: A Pápai Református gyűjtemény. Pápa, 1987. – SZÉCSI András: ~. = Hosszúpályi Honismereti Híradó, 1988. dec.
Forrás: Veszprém megyei életrajzi lexikon. Főszerkesztő Varga Béla. Veszprém, 1998.